از تولد تا اجتهاد میرزا محمد حسینی نایینی، فرزند حاجی میرزا عبد الرحیم ، شیخ الاسلام نایین در سال 1277 هجری قمری در شهر نایین در استان اصفهان به دنیا آمد. وی پس از فراگیری مقدمات علوم دینی در زادگاهش، در سن 17سالگی جهت ادامه تحصیل به اصفهان رهسپار گردید و در منزل حاج محمد باقر اصفهانی اقامت گزید. در حوزه علمیه اصفهان، دانش‌های مقدماتی را به پایان رسانید و علم اصول را از ابوالعلی کرباسی و فلسفه و کلام را از محضر بزرگانی چون شیخ جهانگیر خان قشقایی، شیخ محمد حسن هزار جریبی و شیخ محمد تقی نجفی اصفهانی و فقه را نزد محمد باقر اصفهانی فرا گرفت. سپس در سال 1303 هجری قمری برای ادامه تحصیل راهی عتبات می‌شود و پس از توقفی کوتاه وارد سامره می‌شود و ازتدریس اساتیدی چون سید مجدد شیرازی، سید اسماعیل صدر سید محمد فشارکی بهره می‌برد و در این حوزه است که مورد توجه ویژه میرزای بزرگ شیرازی واقع می‌شود و در اواخر دوران مرجعیت میرزای بزرگ در کاره‌های مهم به ایشان کمک میکند و حتی نگارنده ویژه نامه و بیانیه‌های میرزای بزرگ می‌شود. تا این که پس از مرگ ایشان در سال 1314هجری قمری وارد حوزه کربلا می‌شود و سپس به حوزه نجف مشرف شود از درس آخوند خراسانی سیراب می‌گردد و در اینجا نیز به دلیل توانمندی‌های علمی که داشت طرف مشورت آخوند خراسانی قرار می‌گیرد و یکی از اعضای هیات استفاء ایشان می‌شود. از نظر علمی سر آمد روزگار بوده به گونه‌ای که آقا بزرگ تهرانی از مقام علمی و آگاهی ژرف ایشان بر دانش‌های مختلف سخن می‌راند و به ویژه در زمینه علم و اصول وی را مجدد بشمار می‌آورد. بدین ترتیب نایینی برسکوی بلند استادی در حوزه نجف اشرف قرار می‌گیرد و دیری نپایید که درس تحقیقی و علمی او مورد توجه بسیاری از علما قرار گرفت به نحوی که حوزه درس او جایگاه بلندی برخوردار گردید و پس از حوزه درس آخوند خراسانی مقام اول را بدست آورد. شیوه تدریس ایشان مبتنی بر آگاهی‌های علمی و تحقیقات متکی بر استدلال و برهان بود. چنانچه به رغم آقا بزرگ تهرانی، نایینی دقت نظر و باریک بینی بی‌مانندی داشته است. از ویژگی‌های نایینی، آگاهی از پدیده‌های تاریخی در بررسی و تحلیل مسایل و پدیده‌های علمی، سیاسی، اجتماعی است. وی آگاه به زمان بود و شاید این صفات بود که در او حسن مسئولیت در برابر آینده اسلام و کشور ایجاد کرده و او را وارد فعالیت‌های سیاسی نموده است.
