با وجود شاخص بودن طرح فرشهای نایین، اگر هویت واقعی این فرش را از آن رنگ آمیزی آن ندانیم، نقض غرض کرده اییم. این نوع رنگ آمیزی که عموماً به مدد قابلیت رنگ های طبیعی و گیاهی و به دست رنکرزان ماهر نایینی بر این فرش حاصل می شود، کاملاً از رنگ آمیزی فرش های سایر نقاط ایران، به خصوص فرش های رنگین عشایری و روستایی و نقوش پر و رنگ آمیزی متراکم فرش های تبریز و حتی اصفهان قابل تشخیص است.
مشخصه های رنگ آمیزی فرش های نایین، که قسمت عمده ی شهرت خود را مدیون آن است، زمینه ی رنگی از نوع روشن و مات است که همراه با طرافت و دقت در بافت به نقوش متراکم و پر از پیچش سنتی، آرامشی شگفت انگیز می دهد. اگر این کیفیت را یکی از دلایل اصلی نفوذ فرش نایین در بازارهای جهان بدانیم، شاید تعبیر روان شناسانه ی این امر آن باشد که رنگ های زیبا و آرامش بخش و رؤیا گونه ی فرش نایین به نوعی در تعدیل هیجان های فرساینده ی زندگی امروز مؤثر است.
با توجه به این که فرش نایین فاقد قدمت، یا حداقل مدارک مستندی است که دلایل این گونه رنگ آمیزی را توجیه کند، می توان این کیفیت را مدیون آرامش حسزت انگیزی دانست که در فضای این شهر کوچک احساس می شود.
