براساس شواهد موجود، اولین طرحهای قالی منطقه نایین از اصفهان و بیشتر از تهران (مرکز هنرهای زیبا) به صورت مدادی تهیه شده و در نایین رنگ آمیزی می شد. البته هنر رنگ و نقطه نمودن نقشه قالی نیز توسط مردی به نام مدرسی که از یزد به نایین آمده و در ضمن اولین عکاسی این شهر نیز بود، به نایین راه یافته است.

اصلی ترین طرح های مورد استفاده در فرش نایین طرح های شناخته شده یی نظیر شاه عباسی، لچک ترنج با استفاده از ترکیبات اسلیمی، ختایی و به طور کلی نقوشی است که با سنتی ترین طرح های ایرانی بستگی دارد. استفاده ی مناسب از طرح های سنتی همراه با رنگ آمیزی خاص فرش های نایین، هویتی خاص و جهانی برای این فرش ها تأمین کرده است. از نقوش سنتی دیگری که از آنها استفاده هایی هنرمندانه در فرش نایین شده است می توان به نقش گنبد (سقفی)، حاج خانمی، درختی، قابی، محرابی، محرمات، افشان، لچک ترنج و کتیبه یی و تاریخی اشاره کرد.

با آن که کوچکی شهر و محدودیت و سابقه ی اندک تولید، مانع از آن است که از طراحی گسترده و طراحان صاحب نام و متعدد، نظیر آنچه در اصفهان و تبریز دیده می شود سراغ بگیریم، بایداذعان کنیم که تولید کنندگان و طراحان فرش نایین، زیباترین و دلپذیرترین موارد استفاده و بازسازی طرح های رایج در مناطق قالی بافی دیگر را برفرش خویش نشان داده اند. با این وصف برخی زمزمه های سال های اخیر، دایر بر یکنواخت بودن فرش های نایین، تولید کنندگان این فرش را بر آن داشت که به ایجاد برخی نوآوری ها و استفاده از نقوش متنوع تر دست بزنند، که از جمله ی آنها، علاوه بر استفاده ی بیشتر از نقوش سنتی، بافت فرش های کناره، دایره، شش گوش، و هشت گوش است. در غالب این طرح ها، ظرافت و پرکاری قلم طراحان نایینی، روح و هویت خاص فرش های نایین را تضمین کرده است.

نتایج تحقیقات به عمل آمده نشان دهنده آن است که کلیه طرحهای مورد استفاده در بیشتر مناطق قالیبافی کشور (به استثنای طرحهای خاص برخی از مناطق) در نایین مورد استفاده بوده و معرفی تمامی طرحهای به کار رفته در فرش این منطقه، نیازمند معرفی غالب طرحهای مشخص قالیهای کشور می باشد. با این وجود طرحهای قالیهای نایین عمدتاً بصورت لچک و ترنج بوده و استعمال سایر طرحها کاربرد کمتری دارد. با توجه به طرح و نقش قالی های قدیمی موجود در نایین و اظهارات صاحبنظران می توان طرحهای اصیل فرش این منطقه را چنین برشمرد: لچک و ترنج، افشان، برگردان، ابری، ماهی درهم، خشتی، شکارگاه اژدری، پنجه گرگی، حاشیه حاج احمدی، قاب قلمدون، بند اسلیم، و از دیگر طرحهای جدیدتر مورد استفاده در این منطقه می توان از: طرحهای مهندسی و گنبدی، قاب درختی، بته جقه، گل فرنگ و نقشه غلط نام برد.

لکن با وجود تمامی نقوش مذکور، مهمترین و اصلی ترین طرح مورد استفاده در این شهرستان همان لچک و ترنج بوده و از تنوع بسیار بالایی برخوردار است و اصولاً فرش نایین به لچک و ترنج شناخته شده است. شاید به دلیل استفاده شدید از این قالب باشد که قالی این منطقه به عنوان فرش زیر پایی معروف شده است. در بررسی نقوش مختلف به کار رفته در قالی نایین به نتایج زیر می رسیم:

1. تمایل شدید به سوی طبیعت و گل و گیاه: در قالی این منطقه استفاده از نقوش ختائی و شاه عباسی و گل و برگهای طبیعی به وفور دیده می شود. و این دلیل جغرافیای کویری منطقه و عدم دسترسی به چنین زیبای هایی در طبیعت اطراف باشد. چنانکه در تاریخ و هنر جهان نیز شاهدیم که بشر آنچه را که در آرزوی آن است در قالب هنر وارد محیط زندگی خود می نماید.

موضوع مستتر در سراسر آنها مفهوم دیرینه باروری است، و همه عناصر از وفور بازتاب طبیعت و یک باروری حکایت می کنند که در باغ سر سبز، یا در باغ بهشت ممکن است یافت شود. این همان چیزی است که سرزمین نیمه خشک ایران در آرزوی آن بسر می برد. اگر چه بندرت به آن دست می یابد. چنین نمادی در یک شهر کویری مانند نایین، که در سر حد بقاء وتهدید حرارت صحرایی داغ و بی حاصل بوده است، معنایی بس گیرا بخود می گیرد.

2. عدم تمایل به شمایلگری: یکی از مشخصات اساسی نقوش قالی نایین عدم تمایل آن به سوی شمالیگری است. در نمونه های بسیار نادری نیز که هم اکنون دیده میشود، ضعف شدید در کار تمام شده، موجب عدم تمایل به ادامه این کار شده و این در شرایطی است که درمناطق همجوار این منطقه، مراکز چهره بافی چون اصفهان وجود دارد. در پاسخ دلیل این مطلب به نتایج زیر دست یافته ایم.

1. 2) وجود محدودیت شدید رنگی در رنگ بندی قالی نایین: بافت چهره نیاز به تنوع رنگی بسیار بالا و حساسی دارد و این در شرایطی است که ترکیب رنگ قالی نایین از مدویت خاصی برخوردار است.

2. 2) عدم توانایی تکنیک بافت منطقه: تنها گره مورد استفاده در این منطقه نامتقارن، آنهم عمدتاً بصورت جفتی بافی است، در صورتیکه می دانیم برای بافت چهره نیاز به استفاده از چندین نوع گره و تکنیک مختلف بافت جدید ایجاد ظرافتهای موجود در فرم و رنگ چهره می باشد.

3. 2) عدم وجود برنامه و یا آموزشهای لازم جهت ارتقاء سطح دانش بافندگان در زمینه تکنیکهای مختلف بافت: امروزه نیز چون گذشته در نایین بافندگان تنها آموزش نحوه بافت از استادکاران و بدون هیچ نوع دخل و تصرفی آنرا به کار می گیرند.

4. 2) عدم نظارت طراحان بر روند بافت: در نایین غالباً طراحان پس از طراحی هیچ نوع نظارتی برروند جریان بافت نداشته و عملاً ارتباطی بین اساتید طراح و بافنده وجود ندارد و این نکته با توجه به عدم آشنایی بافندگان با فرم و رنگ صحیح نقوش حساسی چون چهره، سبب بروز مشکلات عمده ای می گردد.

5. 2) نگرش اقتصادی صرف، نسبت به مسئله قالی در فرهنگ نایینی: بدین معنا که در این شهرستان عدم وجود زمینه های صنعتی، کشاورزی و دامپروری در سطح وسیع، سبب اتکاء اقتصاد منطقه بر هنر، صنعت قالی شده است و در چنین شرایطی تنها با وجود بازار فروش و ارزش افزوده به میزان لازم، دیگر نیازی به ایجاد تحول درنقوش و سایر مراحل تولید ضروری به نظر نمی رسد.